“肠菌类”常见的英文表达可以是 intestinal bacteria（肠道细菌整体范畴，侧重细菌类群） 或 gut microbiota（肠道微生物群，包含细菌、真菌等多种微生物，更强调群体概念） 。
如果单纯从“菌类”角度且聚焦肠道相关， intestinal fungi（肠道真菌类，若特指真菌） 也可根据具体语境使用，不过 “肠菌类” 通常主要指细菌，所以 intestinal bacteria 和 gut microbiota 是更常用和贴切的表达。