"The autonomous organs of towns" 或 "The self-governing bodies of market towns" (其中“market towns”更侧重于传统意义上具有市场功能的市镇,可根据具体语境选择)都可以用来表达“市镇的自治机关” 。
如果强调现代行政概念中的“市镇”这种行政区域单位,用 “The autonomous organs of towns” 更为通用和简洁。